Dňa 25. septembra 2018 Európska komisia zaslala spoločnosti ZSSK oznámenie námietok, v ktorom ju informovala o svojom predbežnom stanovisku v súvislosti so skutočnosťou, že spoločnosť bránila výkonu inšpekcie podniknutej v júni 2016 v zmysle nariadenia č. 1/2003 o antritrustových pravidlách, a to poskytnutím nesprávnych informácií a vymazaním istých údajov z počítača.Po dôkladnom posúdení všetkých skutočností vrátane odpovede ZSSK na oznámenie námietok, ako aj ústneho vypočutia sa Komisia rozhodla, že vo veci ďalej nebude konať.
V júni 2016 Komisia uskutočnila inšpekcie v priestoroch ZSSK. Mala podozrenie, že ZSSK mohla uzavrieť dohody narúšajúce hospodársku súťaž s cieľom vytlačiť z trhu konkurujúcich prevádzkovateľov osobnej železničnej dopravy v rozpore s antitrustovými pravidlami EÚ. Toto prešetrovanie ešte stále prebieha. Podľa nariadenia Rady (ES) č. 1/2003 sú spoločnosti povinné spolupracovať počas inšpekcie s úradníkmi Komisie, poskytovať im správne informácie a umožňovať im prístup k všetkým dokumentom relevantným z hľadiska antitrustového prešetrovania. Ďalšie informácie o tomto prešetrovaní budú dostupné na webovej stránke Komisie venovanej hospodárskej súťaži, a to vo verejnom registri prípadov pod referenčným číslom AT.40565.
